La Cooperativa se constituyó el 29 de abril de 1960 bajo la denominación de «Cooperativa Agrícola y Caja Rural San José», gracias a la iniciativa y unión de 16 agricultores de la localidad de Llanos de Don Juan, que apostaron por el modelo cooperativo como vía para fortalecer la producción y comercialización de sus productos agrícolas.
Con el paso del tiempo, la entidad ha experimentado un notable crecimiento tanto en número de socios como en superficie cultivada. En la actualidad, la cooperativa cuenta con 761 socios, procedentes principalmente de las aldeas de Llanos de Don Juan, Zambra y El Nacimiento, quienes cultivan una extensión superior a 2.500 hectáreas de olivar, repartidas entre los municipios de Rute, Lucena y Cabra.
Como consecuencia de la adaptación de sus Estatutos a la Ley 2/1999 de Sociedades Cooperativas de la Comunidad Autónoma de Andalucía, la entidad adoptó su actual denominación de «Sociedad Cooperativa Andaluza Olivarera San José», reforzando su marco jurídico y organizativo conforme a la normativa vigente.
Asimismo, en el año 1998, la Olivarera San José se integró en el grupo DCOOP, cooperativa de segundo grado que agrupa a más de 150 cooperativas, lo que le ha permitido ampliar su capacidad de comercialización, mejorar su competitividad y consolidar su presencia en los mercados nacionales e internacionales.
